Etter seieren over franskmennene ved slaget ved St.Quentin, 10. august 1557 – San Lorenzos dag, ønsket kong Felipe II å bygge et kloster som en takk og til minne om seieren.

Den spanske kongen som fulgte personlig med i arbeidet ga Juan Bautista de Toledo ansvaret for prosjektet og modellene for bygningen og utnevnte ham til kongelig arkitekt i 1561.

Arbeidet med klostret startet i april 1563. Juan Bautista de Toledo døde i 1567 og to år senere overtok Juan de Herrera som leder for prosjektet. Den siste byggesteinen ble plassert den 13.september 1584. etter dette er utfyllende arbeid blitt utført som for eksempel avsluttningen av arbeidet med det kongelige gravkammer.

Klosteret ligger sør for Guadarrama fjellene. Hovedplanet er formet som et enormt rektangel (207 x 162 meter) og med en fremstående del som også er firkantet på midten av den østre fasaden. Dette får formen til å likne en stekerist, det tortur instrumentet som ble brukt på San Lorenzo og gjorde ham til martyr.

Hovedtrekkene ved klosteret er helt symetrisk med strenge og enkle linjer. Utformingen og grunnplanet er blitt brukt som modell til mange andre spanske og europeiske klostre som ble bygd senere. Fire solide tårn markerer hjørnene noe som er typisk for spanske sivile og militære konstruksjoner.

I midten reiser tårnene til basilikaen seg som har en flott kuppel. De spisse skifertakene som karakteriserer bygningen var de første i sitt slag i Spania og var et uttrykkelig ønske fra kongen som hadde sett slike på sitt besøk i Flandern.

Kirken og den flotte Patio de los Reyes (kongenes gårdsplass) foran basilikaen, opptar den øst-vestlige siden av bygningen. Kirken er kvadratisk og har en kuppel på 92 meter. Inne er det mange kunstverker, som for eksempel de tomme gravene til Carlos V og Felipe II. I en krypt under koret ligger det kongelige gravkammer i barokk stil, der levningene til spanske konger og dronninger befinner seg.

Barnemausoleet ble laget senere, i den andre halvdelen av det 19.århundre. Det store sakristiet inneholder mange verdifulle malerier. Blant hallene og rommene i klosteret, må bibloteket nevnes spesielt. Det ble opprettet av Felipe II personlig.

Bokhyllene er tegnet av Juan de Herrera og takene malt av Tibaldi. Bibloteket inneholder over 40.000 bøker og flere enn 4700 manuskripter og noen av dem fins det ikke kopier av andre steder i verden.

Habsburgernes Plass som er nøkternt inneholder tronesalen og rommene til Felipe II og Isabel Clara Eugenia. Gjennom krigssalen med en mengde malerier av krigsscener kommer man til Bourbonernes Palass. Her er kostbare møbler og dekorasjoner, noe som står i sterk kontrast til det førstnevnte.

I klostrests galleri henger en fabelaktig samling malerier utført av kunstnere som Tizian ( var Felipe II`s yndlingsmaler ) , Ribera, Velazquez, Tintoretto, Duer og Lucas Jordan. Dette galleriet er et av Spanias viktigste.

Klostret El Escorial som ble modellen for det som senere ble kalt Herrera stilen er både et palass og et kloster, en kirke og et mausoleum samtidig og dette var dette kong Felipe II ønsket. På den ene siden viser bygningen en monarks urokkelige tro og på den andre siden arkitekt Herreras strenge estetiske prinsipper som var helt annerledes enn byggestilen på den tiden. Den kom på Unescos liste i 1984.