Garzòn måtte møte i retten tiltalt for å ha satt i gang etterforsking etter den spanske borgerkrigen der omtrent 100.000 spanjoler forsvant.
Det var erklært amnesti i Spania etter general Francisco Francos diktatur, men Garzòn støttet seg på internasjonal lov som sier at brudd på menneskerettigheter skal etterforskes.

Han beordret derfor etterforsking for at de gjenlevende kunne få svar på hvor deres familiemedlemmer ligger gravlagt.
Garzòn har gjort det samme i Chile og Argentina, men da han ville gjøre det i sitt eget land, protesterte de spanske myndighetene.

Retten har lagt vekt på at selv om Garzòns avgjørelser er i strid med amnestiloven fra 1977, så er de juridisk forsvarlige.

Seks dommere stemte for frikjennelse av den siktede Garzòn, og èn stemte i mot. Han som stemte imot var Juliàn Sànchez Melgar.
Mange tusen spanjoler har gitt sin støtte til Garzòn og det blir sagt at han er den eneste som har gjort noe for de etterlatte etter borgerkrigen.